El proyecto del Museo contempló la restauración de edificaciones y la ejecución de un edificio de obra nueva dentro del MH Construcciones de la Sociedad Industrial de Aysén. La intervención a los edificios existentes contempla oficinas de administración, salas de exposiciones, talleres, entre otros. En el edificio nuevo se consideran salas de exhibición, laboratorios, depósito de colecciones y oficinas para investigadores.