El Museo nace en el año 1974 como iniciativa de la comunidad e inicialmente se instaló en la Casa de los Intendentes. Luego de la demolición de este inmueble, el Museo debió trasladarse a la ex sede de la Universidad Técnica del Estado y hacia 1978 ocupó una nueva dependencia en Villa El Sol. Desde 1982, funciona en el Monumento Histórico Casa de los Hermanos Matta Goyenechea siendo sus colecciones protegidas como Monumento Histórico Mueble (1987), inmueble que data de la década de 1830. Desde 1997, a través del proyecto de habilitación, documentación y conservación de colecciones, se remodelaron sus espacios, implementando una nueva museografía, la instalación de un laboratorio de conservación, taller de registro y documentación de depósitos de colecciones, entre otros servicios.