El Museo ocupa lo que antiguamente fue el Centro Turístico Cultural y Artesanal CHILOTUR. El cual contemplaba un hotel y un centro cultural patrimonial donde se albergaron las colecciones recopiladas por Audelio Bórquez, quien se dedicó a recolectar objetos patrimoniales chilotes junto a sus estudiantes del Seminario Conciliar. Esta colección fue donada en 1975 a la DIBAM fundando de esta forma el Museo. A partir del año 2000, se han realizado distintas actividades: plan maestro, reposición de techumbre, habilitación de salas y accesibilidad universal. Actualmente el espacio considera salas de exhibición, un microcine, servicios higiénicos, área de colecciones, entre otros. El año 2018 el Servicio del Patrimonio adquirió el hotel aledaño que fue construido para el CHILOTUR, el objetivo es beneficiar a la comunidad con una nueva sala para actividades educativas y culturales en el centro de la ciudad.