El proyecto del Museo contempla la restauración del Monumento Histórico y la construcción de un edificio de obra nueva que aumenta la superficie del inmueble. La intervención considera el mejoramiento de las salas de exhibiciones y la incorporación de depósitos para las colecciones protegidas, laboratorios, oficinas administrativas, auditorio, entre otros.

Actualmente se encuentra en trámite la actualización del diseño, para cumplir con recomendaciones de eficiencia energética de su uso. Se espera iniciar ejecución de acciones arqueológicas sobre el sitio, para licitar las obras durante el primer semestre de 2025.