Se trata del primer museo regional (1878) en el país. Originalmente estuvo ubicado en el Liceo de Hombres de Valparaíso y en el año 1988 fue instalado en el Monumento Histórico Palacio Lyon. El edificio, diseñado y construido por Carlos von Moltke (1881), fue intervenido fuertemente entre el año 2009 y el año 2013, tanto en su estructura como en su museografía para el montaje de las exhibiciones y sus servicios.