El proyecto del Depósito se ubica en el antiguo edificio de la Gobernación Marítima, construido en 1910 con motivo de la celebración de Centenario de la República. El edificio de madera es de dos pisos y todos los elementos formales de su estructura evidencian su filiación con el neoclásico. Actualmente se está ejecutando un proyecto de depósitos temporales y buscando alternativas para la consolidación de un lugar definitivo, dado que se considera que el edificio está ubicado en zona de riesgo ante tsunamis.