El proyecto del Museo contempló la restauración de la ex cárcel de Punta Arenas, obra del arquitecto Antoine Beaulier junto con la construcción de un edificio de obra nueva dentro del mismo predio. La intervención a los edificios existentes contempla salas de exposiciones, auditorio y las dependencias de la biblioteca regional. En el edificio nuevo se considera la construcción del archivo regional, oficinas administrativas, laboratorios y depósitos.