El Archivo posee un acervo que comprende documentación producida entre los años 1858 al 2013 y en sus dependencias, a partir del 2003, también funciona el Archivo General de Asuntos Indígenas de la Conadi. Por decreto del 2006, los documentos conservados en este Archivo juntos con los conservados en el Archivo Nacional Histórico y Archivo Nacional de la Administración fueron declarados Monumento Histórico Mueble. Posteriormente, el Fondo del Archivo General de Asuntos Indígenas se declara como Patrimonio de la Humanidad (2012).