El museo se instaló en el predio donde estuvo la casa quinta (1871) de Benjamín Vicuña Mackenna, en donde sólo queda el edificio que ocupaba él para trabajar y se encontraba su museo y archivo personal. La gestión de la ejecución del museo estuvo a cargo de Eugenio Orrego Vicuña, nieto de Vicuña Mackenna. Hacia 1998 se realizó la primera remodelación y luego, entre 2017 y 2019, se dio paso a la segunda remodelación en donde se realiza una exposición sobre 62 años de historia del museo que contempló la renovación museográfica, dos salas de exposición permanente, una sala de exposición temporal, una sala taller, la habilitación de un nuevo depósito y el mejoramiento de la biblioteca.