La creación del Archivo se efectúa por motivos de las políticas de modernización y descentralización del Estado en una acción conjunta entre el Gobierno Regional, el Archivo Nacional de Chile y la Universidad Arturo Prat. Inicialmente fue una unidad anexa de la Universidad Arturo Prat (2009) y posteriormente pasó a ser dependiente del Archivo Nacional, manteniendo su localización en la Universidad hasta la actualidad. El Archivo reúne un acervo documental producido entre los años 1860 y 2007.